מחלת החלפת נגרמת ע"י הפטריה אלטרנריה מקרוספורה Alternaria macrospora מחלה זו תוקפת כותנה מקבוצת זני הפימה בלבד. המחלה פוגעת בשטח המטמיע – עלים, פטוטרות, הלקטים וענפים צעירים. המחלה גורמת לנשירת עלים מוקדמת ולפגיעה כמותית ביבול. המחלה עוברת מעונה לעונה ע"ג שאריות צמחים.