שימוש נרחב, חוזר ונשנה, ולעיתים בלתי מבוקר הביא להתפתחות עמידות בכנימת עש הטבק כנגד מגוון של חומרי הדברה. עמידות כנגד Neonicotinoids התקבלה במדינות שונות באירופה ולאחרונה גם בישראל. רמות גבוהות של עמידות כנגד Pyriproxyfen התקבלו כבר בשנה הראשונה לשימוש בחממות פרחים בישראל, ולאחר ארבע שנים (למרות הקפדה על יישום אחד בעונה) גם בשדות כותנה. התפתחות עמידות לפגסוס עדיין לא דווחה בישראל אך דווחה באוסטרליה. הסכנות מהתפשטות תופעת העמידות הן רבות: 1. לא קיימים כרגע בידינו תחליפים בעלי מנגנון פעולה חדש וייחודי המסוגלים להחליף את התכשירים שבשימוש. 2. התפרצות בלתי-מבוקרת של כנימת עש הטבק עלולה לגרום לנזק כלכלי אדיר כדוגמת זה שארע באריזונה וקליפורניה בשנת 1995. 3. באין מוצא, עלולים חקלאים רבים לחזור ולהשתמש בחומרי ההדברה הישנים רחבי-הטווח, ולגרום לפגיעה אקולוגית קשה באוכלוסיות האויבים הטבעיים.